党锢事起，陈蕃被杀害，何休也遭禁锢。他闭门不出，用功十余年，作《春秋公羊传解诂》12卷。又注《孝经》、《论语》等。另作《春秋汉议》13卷，以春秋大义，驳正汉朝政事600多条，“妙得公羊本意”。党禁解除,被召为司徒，拜议郎，再迁谏议大夫。

    何休长于天文历算，与老师羊弼，根据公羊学博士李育的学说，驳难《左传》和《谷梁传》。作《公羊墨守》14卷，申说公羊家的春秋说，如墨翟守城不能攻破；《左氏膏肓》10卷，指出《左氏春秋》问题很多，如人已病入膏肓，不可救治；《谷梁废疾》3卷，指出《谷梁春秋》也有问题,如人得了瘫痪废疾,难于复起。人们称这三部书为“三阙”，言其理论幽微,难于通晓,如三座宫阙高不可攀，以后郑玄作《发墨守》、《针膏肓》、《起废疾》以相驳难。京师称郑玄为“经神”，称何休为“学海”，十分推重。

何休的著作大都散佚，只有《春秋公羊传解诂》至今保存。何休在该书《序》里说:“往者略依胡母生(西汉经师)《条例》,多得其正，故遂隐括使就绳墨。”宣公十五年“初税亩”下,何休提倡井田;对公羊家的“春秋三世”说，也作了新的阐释和发挥，提出“衰乱世”、“升平世”、“太平世”的历史进化思想。在《文谥例》里，何休阐述了“三科九旨”。新周，故宋，王鲁，是一科三旨，所见异辞，所闻异辞，所传闻异辞，是二科六旨，内其国而外诸夏，内诸夏而外夷狄，是三科九旨。从三科九旨推演，又有许多义旨。表明《春秋公羊传解诂》是公羊学从西汉到东汉的总结和发挥，由于这部书保存了公羊家的许多条例、义旨，后世公羊学者奉为经典。